Две группы исследователей с помощью разных методов впервые получили изображение комплекса белков, с помощью которых вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) проникает в клетки.
Обе работы опубликованы в одном выпуске журнала Science, кратко о контексте открытия пишет Nature News.
Комплекс, тример оболочки, образованный белками gp120 и gp41, обеспечивает проникновение в клетки у всех ретровирусов. Структура этих белков у ВИЧ была известна достаточно давно, но то, как именно они взаимодействуют друг с другом, и как выглядит сам комплекс целиком, ученым оставалось неизвестным. Это, в свою очередь, определяет, как именно иммунная система человека “видит” вирус. Именно форма тримера, а не только структура отдельных белков диктует то, как должны выглядеть антитела, которыми ученые стремятся закрыть все “посадочные места” на вирусе, чтоб не допустить его проникновения в клетки.
Двум группам ученых, работы которых появились в Science удалось рассмотреть внешний вид тримера с разрешением в 4,7 и 5,8 ангстрем (10 ангстрем равны одному нанометру). При этом одна из групп использовала для установления структуры рентгеновский анализ упорядоченного кристалла, а вторая анализировала электронные микрофотографии комплексов. В последнем случае на основе тысяч изображений индивидуальных комплексов ученые на компьютере восстанавливали их обобщенный внешний вид.
Публикации работ на несколько месяцев предшествовали сообщения о подобных исследованиях от группы из онкологического института в Бостоне. Тогда научное сообщество критически отнеслось к полученным результатам из-за метода анализа результатов. Новые структуры существенно отличаются от тех, которые появились ранее.
Внешняя структура белков оболочки вирусов необходима ученым для того, чтобы можно было применить методы рационального дизайна при подборе лекарств. Ключевым этапом такого метода является докинг, то есть симулирование на компьютере взаимодействия разных веществ с поверхностью вируса.
