Геннадий Григорьевич женат. Имеет сына Сергея и дочь Кристину.
Геннадий Зубко родился 27 сентября 1967 года в Николаеве. В 1991 году окончил Киевский политехнический университет по специальности «автоматизированные системы управления», а также курс инвестиционного и финансового менеджмента в строительной индустрии в Киевском инженерно-строительном институте (2003 год). Кроме того, он получал образование и за границей: окончил Северно-Западный университет в Иллинойсе (Чикаго).
В 2007 году Геннадий Зубко окончил Киево-Могилянскую академию, Киево-Могилянскую школу бизнеса, а в 2008 – Национальный университет Киево-Могилянская академия по специальности «менеджмент организаций». В 2012 году будущий украинский министр защитил диссертацию в национальном университет строительства и архитектуры в Харькове. Тема работы: «Огранизационно-техничесикие меры по повышению эффективности реконструкции стадионов». Геннадий Григорьевич – автор более чем десяти научных работ, кандидат технических наук.
Хоть Зубко и родился в Николаеве, его карьерный путь и служба в армии начались в городе Житомир. С 1986 по 1988 год он служил в Вооруженных Силах СССР, затем начал работу инженером-программистом в Житомирском областном производственно-техническом управлении связи.
С 1992 занимал должность коммерческого директора на фирме «Сергей», далее – на ООО «Маяк», «ТАНТАЛ». С 2001 года руководит проектом ОАО «Линос» Лисичанский ЛПУ. Также будущий министр работал заместителем председателя правления завода ограждающих конструкций в Житомире.
Параллельно с этим Геннадий Зубко вел политическую деятельность: в 2006 году становится депутатом Житомирского горсовета V созыва, с 2010 - VI созыва, становится председателем «Фронта перемен». Кроме того, Геннадий Григорьевич Зубко был членом комиссии по вопросам коммунальной собственности и бюджета.
С 2012 года – руководитель Житомирского избирательного штаба Объединенной оппозиции ВО «Батькивщина». С декабря этого же года – нардеп Украины VII созыва от партии ВО «Батькивщина» по одномандатному мажоритарному округу под номером 62.
В ВРУ занял должность первого заместителя председателя Комитета по вопросам строительства, градостроения и ЖКХ и региональной политики.
На президентских выборах Зубко руководил областным штабом Петра Порошенко в Житомире. В июне 2014 года становится первым заместителем главы администрации Президента.
2 декабря 2014 года Геннадий становится вице-премьер-министром, а также министром регионального развития, строительства ЖКХ. 4 декабря этого же года указом Петра Порошенко уволен с должности первого заместителя глав АП.
На новой должности приоритетными задачами министр считает реформирование по децентрализации власти и передача максимальной власти на места.
Геннадий Зубко имеет Медаль «За отличие в воинской службе» второй степени, а также Орден Данилы Галицкого.
Доходы. В 2013 году Геннадий Григорьевич Зубко задекларировал 1 741 323 гривни. Из этого – 1 621 233 составила заработная плата.