Фатальна катастрофа японських ВПС з F-35A в квітні 2019 року призвела до численних дискусій про майбутнє програми.
Тонни припущень щодо того, чи відбулася аварія через помилку літака, помилки пілота або інших чинників. Менш ніж через два місяці JASDF випустила офіційний звіт про причини аварії. У звіті наводиться приблизна хронологія катастрофи, докладно описується висота і дії літака до катастрофи, а також надається корисна візуалізація маневрів літака.
Катастрофа сталася під час навчань з повітряних бойових дій після контрольованого лівого спуску. Поворот був початий, щоб звільнити місце для іншого літака в зоні бойових дій, але на півдорозі пілот сигналізував про закінчення навчання. Після цієї точки швидкість зниження збільшувалася до самого краху.
Під час останнього переданого повідомлення голос пілота був спокійний і не напружений, і літак значно не відхилявся від прямої траєкторії, наступного за цією передачею. В результаті в звіті робиться висновок про те, що малоймовірно, що пілот втратив свідомість або контроль через перевантаження протягом цього періоду.
У звіті також говориться, що пілот не відчував ніяких механічних труднощів під час первинного зниження. Друга фаза зниження після передачі повідомлення була лише трохи вище, ніж вихідна фаза зниження.
В результаті в звіті був зроблений висновок, що пілот став просторово дезорієнтованим і, ймовірно, не знав, що він був так близько до землі. Під час другої фази зниження літак падав зі швидкістю понад 300 метрів в секунду з висоти менше 5 км, що давало пілоту менше 16 секунд для реакції.
У той час як просторове сприйняття пілота часто доповнюється різними HUD-дисплеями і багатофункціональними дисплеями в кабіні F-35, відносна новизна старіших японських літаків могла б змусити пілота неправильно зрозуміти становище і «відчути» його літак. Залежно від погодних умов в той час, можливо, пілот не міг бачити, як літак наближається до води, поки не стало надто пізно.
Що стосується програми в цілому, то звіт, схоже, досить впевнений у механічному стані самого літака. У звіті рекомендуються додаткові тренування і час на тренажері для пілотів JASDF F-35A. Таким чином, закупівлі, швидше за все, продовжаться на існуючому рівні без змін.
Нагадаємо, F-35A під керуванням 41-річного майора Акіномі хосомі пропав з радарів 9 квітня близько 19.25 за місцевим часом. Японія припинила пошуки літака після того, як біля острова Хонсю були знайдені крило і фрагменти двигуна винищувача, вони сильно пошкоджені. Раніше був знайдений бортовий самописець F-35, але без носія інформації. 7 червня Міноборони Японії офіційно підтвердило смерть Акіномі хосомі – фрагменти його тіла і спорядження були знайдені в ході пошуків.