Как и в первом случае, причиной отмены аукциона стало отсутствие желающих купить клуб. Главный тренер «Арсенала» Александр Заваров заявил, что не намерен больше ждать, когда прояснится ситуация по поводу будущего команды, которая после 16-ти туров чемпионата страны идет на четвертом месте в турнирной таблице, и намерен в ближайшее время покинуть клуб. Единственным реальным претендентом на покупку контрольного пакета акций ФК «Арсенал» был бывший мэр Киева Александр Омельченко, заявивший, что намерен помочь клубу, созданному пять лет назад именно по инициативе тогдашнего мэра. Ранее на встречах с тренерским штабом и футболистами господин Омельченко заверял, что средства на первый квартал следующего года у команды есть. А до конца 2006-го должен был решиться вопрос и с обеспечением на весь будущий год. Как утверждает Александр Омельченко, настоящей причиной срыва аукциона было «нежелание нынешней власти избавиться от клуба именно на аукционе». По словам бывшего мэра, «нынешняя власть устраивает всевозможные проволочки. Во-первых, нет необходимости установления минимума из трех заявок. Кроме того, могу сказать, что мы свою заявку подали, однако в последний момент оказалось, что не так оформили документы».
В свою очередь и.о. гендиректора «Арсенала» Елена Панамарчук подчеркнула, что, даже невзирая на срыв аукциона, речь пока не идет о ликвидации клуба, ведь собственником остается столичная власть, которая может и далее обеспечивать финансирование или объявит о повторных торгах. Выкупить 80% акций, принадлежащих столичной власти, намеревается доверенное лицо (начальник команды Александр Башлык), представляющее интересы тренеров и игроков, чтобы затем передать их главному инвестору.
Бывший начальник главного управления КГГА по физкультуре и спорту, а ныне глава департамента физкультуры Министерства семьи, молодежи и спорта Вячеслав Карандеев, не считает, что клубу грозит ликвидация: «Депутатам это невыгодно. Тогда кредиторы начнут процедуру банкротства и будут требовать от Киевсовета вернуть долги». По неофициальной информации, сумма долга составляет около 10 млн. грн. Из-за неопределенности с дальнейшей судьбой клуба выразил желание покинуть «Арсенал» главный тренер команды Александр Заваров. «Я с футболистами был в «Арсенале» до 26 числа. Раз вопрос не решился, я имею полное право оставить клуб. У меня есть интересные предложения, одним из которых я вполне могу воспользоваться»,— отметил тренер.
19 октября 2001 г. мэр Киева Александр Омельченко подписал распоряжение «О создании ООО «Футбольный клуб «Арсенал-Киев» на базе ФК ЦСКА (Киев)». Клуб создан в соответствии со ст. 60 закона «О местном самоуправлении» с целью поддержки развития спорта в Киеве. В уставном фонде клуба взносы в размере более 80% принадлежат главному управлению по физической культуре и спорту Киевгорадминистрации, 20% — участникам клуба. Уставный фонд «Арсенала» составляет 11,8 тыс. грн. За последние пять лет в клуб из городского бюджета было вложено 250 млн. грн. В июне 2006 г. горадминистрация выставила на аукцион свои 80% акций.