В мае 2016 года Басманный суд Москвы заочно арестовал бывшего министра.
Полиция Москвы 28 сентября задержала бывшего министра транспорта Украины Николая Рудьковского, которого объявили в розыск по делу о нападении на посольство России в Киеве. Бывшего чиновника арестовали, сообщило агентство «Москва» со ссылкой на источник.
В отношении Рудьковского возбуждено дело по статье 360 УК РФ. По версии следствия, в июне 2014 года он бросил камень в посольство России в Киеве.
Нападение на посольство РФ в Киеве было совершено 14–15 июня 2014 года. Возле здания устроили митинг после того, как в аэропорту Луганска был сбит военный самолет Ил-76 с 49 людьми на борту. Митинг перерос в погром, в ходе которого нападавшие разбили все окна в здании, сняли флаг с флагштока и перевернули припаркованные машины. В СК РФ оценили ущерб в более 18,8 миллиона рублей.